En 1985, un homme nommé Duane Barry est endormi lorsque les extraterrestres l'enlèvent.
Dans une maison de correction, Duane rencontre son psychiatre parce qu'il n'a pas pris ses médicaments. Barry insiste sur le fait qu'il n'est pas fou, il est sûr qu'ils vont revenir. Lorsque le docteur veut lui faire une injection, il se sauve et tue le garde de sécurité. Ensuite, il tient son docteur en otage et 3 employés d’une agence de voyage.
Krycek va chercher Mulder à la piscine. Il doit négocier avec Duane Barry parce qu'il prétend avoir été enlevé par les extraterrestres. Dans l’immeuble à côté de l’agence de voyage, une femme nommée Lucie Kazdin rencontre Mulder et Alex. Elle explique à Mulder comment négocier avec le suspect. Il doit établir une relation de confiance avec lui. Le suspect a l’intention d’amener son docteur sur un site où a lieu des manifestations extraterrestres pour enfin qu’il le croit.
Dans l'agence de voyage, le téléphone sonne. Mulder établit un lien, mais il réalise que Duane était un ancien agent du FBI de la façon dont il parle. Pendant ce temps, Scully écoute les informations quand Mulder l'appelle. Elle doit vérifier le dossier du suspect. Tous les lumières de l'édifice s’éteignent. Une grande lumière blanche jaillit. Duane tire des coups de feu : un homme est touché.
Mulder en profite pour jouer le rôle d'ambulancier et entre dans l'agence. Mulder doit faire un échange : il reste, mais l'otage s'en va. Il établit un lien lorsqu'il parle du temps qui disparaît, la lueur, son vécu, le fait qu’il soit paralysé lorsqu'ils sont là. Duane Barry a des souvenirs à chaque fois que Mulder remémore un évènement. Duane explique enfin tout ce qu'il a vécu : les examens , la communication avec eux, l'implant etc. Il est certain que le gouvernement est impliqué. Duane se rappelle l'endroit qu'ils sont venus le chercher pour la première fois, il montait vers les étoiles.
Pendant ce temps, Scully appelle et apprend où est Mulder, elle est furieuse, elle exige qu'il sorte de cet endroit parce que Duane n'est pas ce que Mulder croit. Lors de son service au FBI, il s’est fait tirer dessus et son cerveau a été endommagé. Par conséquent, Duane ne discerne plus la vérité du mensonge. Rendu à l’immeuble, elle communique l’information à Mulder. La négociation doit finir. Mulder, écoutant Scully, exige la libération des femmes. Lorsqu’elle sont libérées, Mulder le confronte et le traite de menteur. Duane se fâche, il voit là un acte de trahison. Il demande à Duane d'aller verrouiller la porte. Devant la porte, il se fait tirer dessus, il est encore vivant.
Mulder et Scully le regardent partir. Scully le félicite de ce qu'il a fait. Mulder avoue qu'il l'a cru. Plusieurs jours plus tard, Mulder rencontre Kazdin. Ils vont voir Duane. Des radiographies ont révélées plusieurs bouts de métal dans le corps de Duane. Il a alors dit vrai. Elle donne un implant à Mulder.
Il le rend ensuite à Scully. Lorsqu’elle le passe sous un scanner à l'épicerie, la caisse devient folle et indique un numéro de série. À l'hôpital, Duane se réveille, se débranche et s'en va. Chez elle, Scully appelle Mulder et lui fait part de ce que l'objet a fait à la caisse. Duane apparaît à la fenêtre. Elle crie à l'aide à Mulder. On entend des éclats de verre, elle se fait enlever.