Une force invisible dérange deux concierges dans leur travail, détruit tout sur son passage et tue un homme travaillant sur l’autoroute 24. Plus tard, un éléphant, Ganesha, apparaît soudainement devant un camionneur. Au matin, elle est retrouvée morte et d’après Ed Meecham, le gardien du zoo, la cause de sa mort est due à l’épuisement et de plus, Ganesha avait des comportements sauvages ces temps-ci. Il les référence à Willa Ambrose, la naturaliste. Mulder et Scully apprennent que le zoo a des problèmes financiers et qu’Ed a plusieurs inconvénients avec le PRN (Partir du retour à la nature).
Les agents rencontrent Kyle Lang, le dirigeant du PRN. Un rouquin se tient derrière. Leur organisation a pour but de libérer tous les animaux d’un environnement non-habitable. Ganasha s’est échappée parce qu’elle subissait de mauvais traitements de la part d’Ed. Il confie que Willa a des problèmes avec les dirigeants de Malawi qui réclament le gorille nommé Sophie, la prunelle de Willa. Celle-ci s’occupe de Sophie depuis qu’elle est jeune, elle lui a enseigné le langage des signes. Alors, elle ne peut s’occuper des agissements d’Ed.
Mulder apprend des Lone Gunmen qu’aucun animal de ce zoo a mené une grossesse à terme et puis qu’il y en a beaucoup qui disparaissent sans laisser de trace. Scully suit le rouquin qui entre par infraction dans le zoo. Il se fait tuer par une tigresse qui n’est pas vraiment devant lui. Il a tout enregistré. Lorsque Mulder visionne l’enregistrement, tout semble indiquer que le rouquin a été tué par un fantôme.
Ils vont voir Willa et apprennent que Sophie est malade, elle est réservée. Sophie est effrayée par une grande lumière. Le gorille ne souhaite qu’une chose : avoir un enfant. Scully doit autopsier Ganasha. Elle découvre que Ganasha a déjà été enceinte et Sophie l’est, c’est pour cette raison qu’elle est agitée.
Sur un chantier, plusieurs hommes travaillent quand deux d’entre eux se font piéger par la tigresse. Willa, Ed, Mulder et Scully se rendent sur le chantier. L’animal sauvage essaie d’attaquer Willa, mais Ed la tue. Vu la perte des deux animaux en voie de disparition, le conseil d’administration du zoo ferme les portes. Willa se retrouve sans emploi. Mulder apprend que la tigresse était enceinte. Il a une théorie : Les extraterrestres les enlèvent, les fécondent et les relâchent. Mais les embryons, les extraterrestres les gardent enfin de prélever leur ADN et de fabriquer une arche de noé. Sophie confirme la crainte que son bébé soit enlevé par les airs. Vu la fermeture du zoo, Sophie va être transférée. Willa demande l’aide de Kyle pour trouver un endroit pour Sophie. Premièrement, il refuse. Le soir, il veut lui parler, mais malheureusement, un accident d’allure suspecte arrive et meurt. Sophie a disparu et c’est Willa qui a trouvé le corps.
Mulder inspecte le dépôt et trouve Ed. Il protège Sophie qui devient très maligne. En allant la voir, Sophie attaque Mulder et Ed se protège en fermant la porte. Une grande lumière surgit et endort Mulder. Scully le trouve plus tard, mais Sophie n’est pas là. Grâce à une radio de police, Willa, Mulder et Scully apprennent que Sophie vient de se faire frapper. Elle est décédée.
Pour conclure l’enquête, Willa et Ed ont été accusés d’homicide volontaire contre la personne de Kyle Lang, mais pour les agents, cet homicide reste plein de mystère.