Au Nouveau-Mexique, un jeune indien, Éric, va dans le désert. Il aperçoit un énorme wagon frigorifique. Il ramène un squelette d’extraterrestre à Albert Holstein et les autres.
Le Cogiteur accède aux fichiers Top secret du Département de la Défense. Il les télécharge sur une cassette numérique et la remet à Mulder. L’homme à la cigarette reçoit la nouvelle de l’infiltration. Lorsque Mulder ouvre le fichier, il voit un langage Navajo. Scully le reconnaît. Elle trouve quelqu’un pouvant traduire le fichier, elle reconnaît les mots «marchandise» et «vaccination». Elle la réfère à Albert Holstein, spécialiste du Navajo.
Mulder prend plusieurs pilules, Scully remarque un changement dans son comportement. Skinner sait que Mulder possède la cassette numérique. Lorsqu’ils se rencontrent, Mulder paranoïde et le frappe, mais Skinner le maîtrise. Vu cet incident, Mulder doit passer devant la commission discipline. Scully est informée que si elle le couvre, elle sera sanctionnée aussi.
Bill Mulder apprend par l’Homme à la cigarette que les fichiers, supposés avoir été détruits, se retrouvent dans les mains de son fils. Son nom figure dans ses fichiers, il a peur pour son fils. Il l’appelle et demande à le voir. Il s’excuse pour tout ce qu’il a fait dans le passé. Dans la salle de bain, Bill se fait tuer par Alex Krycek.
Pendant ce temps, Scully se rend chez Mulder, elle constate qu’il est absent. Une balle est tirée, elle l’effleure et atterrit dans le mur. À son appartement, elle reçoit un appel de Mulder. Elle lui demande de venir chez elle parce que s’il reste là, il va être accuser du meurtre de son père parce que son comportement ces derniers temps est agressif. Mulder arrive et tombe dans ses bras. Il est en état de choc. Scully le fait dormir dans son lit. Le lendemain, Mulder se réveille, son arme a disparu. Il accuse Scully de ne plus lui faire confiance. Celle-ci l’aide en envoyant son arme à l’analyse balistique.
Chez Mulder, Scully récupère la balle dans le mur. En comparant la balle extraite du mur et les balles dans l’arme de Mulder, elle pourra prouver l’innocence de Mulder. En regardant pour la fenêtre, elle voit des hommes changer l’eau de l’immeuble. Dans le sous-sol, elle constate que le tuyau d’eau alimentant l’appartement de Mulder n’est pas identique aux autres. Après analyse, elle découvre que l’eau comprend une drogue, ce qui explique le comportement de Mulder.
Le soir, Mulder voit Krycek rôder près de son appartement. Il le frappe et prend l’arme de Krycek. Scully apparaît arme à la main. Elle ne veut pas que Mulder tue Krycek, alors au moment où il va le faire, Scully fait feu sur son partenaire et atteint son épaule. Si Mulder avait tué Krycek avec l’arme, il aurait aucune preuve de son innocence.
Elle l’amène au Nouveau-Mexique, dans la maison d’Albert Holstein. Mulder était trop prêt de la vérité, alors ils l’ont drogué pour le tourner contre ses amis. Albert a traduit le fichier, les noms de Scully et de Duane Barry apparaissent dans les fichiers ainsi que le mot «test», elle veut savoir pourquoi.
Albert demande à Mulder d’aller dans le désert parce qu’autrefois, le peuple Anasazi a été enlevé par des extraterrestres parce qu’ils avaient peur de la vérité. Il sait que Mulder n’a pas peur. Éric amène Mulder au wagon frigorifique. À cet endroit, Mulder reçoit un appel de l’Homme à la cigarette, il en profite pour le localiser. Mulder entre dans le wagon et appelle Scully, il vient de découvrir des cadavres d’extraterrestres, ils ont tous des traces de vaccination contre la variole L’Homme à la cigarette arrive, il met le feu au wagon et amène Éric. ux habitants.