Un prêcheur est devant une congrégation de Pennsylvanie. Il parle de la réalité des miracles quand les paumes de ses mains se mettent à saigner. Après le sermon, un homme s'approche de lui, le prend à la gorge avec une grande force et il le frappe contre le mur. De la fumée monte dans son cou.
Mulder examine le corps et dit que tout ceci est une supercherie. C'est la 11w personne assassinée par des stigmates et pour des motifs religieux. Dans une école de Loveland, Kevin se met à saigner des mains. Une assistante explique à Mulder et à Scully que ce n'est pas la première fois que Kevin se met à saigner. Le père de Kevin est dans un hôpital psychiatrique parce qu'il pensait que son fils devait être protégé des forces du Mal.
Mulder et Scully vont voir le père de Kevin. Il leur confie que son fils est un élu et que les puissances des ténèbres vont prendre une forme humaine et tuer Kevin. Il dit à Scully que la vérité est au centre du cercle, mais elle ne comprend pas ce que signifie cette phrase.
Kevin a été amené dans un foyer où il y a beaucoup d'enfants. Il se fait enlever par un homme. Mulder interroge les enfants sur l'homme qui a enlevé Kevin, mais ses efforts s'avèrent inutiles. La mère sait de qui il s'agit, Owen Jarvis, le jardinier. Owen avoue à Kevin qu'il est son ange gardien. Mulder et Scully arrivent chez Owen, mais Kevin n'est pas là. Owen prétend protéger Kevin, Dieu lui a demandé. Elle se tourne vers Scully et lui dit qu'elle ne pourra pas protéger Kevin parce qu'elle n'a pas la foi. Il saute par la fenêtre du premier étage et il s'enfuit.
Kevin entre chez lui. L'homme qui a tué le prêcheur le suit, il veut enlever Kevin, mais Owens l'attaque. L'homme prend le dessus et une fumée veut étrangler Owens. Mulder et Scully arrivent et retrouvent le corps d'Owens. Kevin demande à Scully si c'est elle qui doit veiller sur lui maintenant.
Scully fait l'autopsie d'Owens et trouve des empreintes sur le cou d'Owens, celles de Simon Gates, président d'une grande compagnie. Scully croit que Kevin est un élu tandis que Mulder reste sceptique.
Kevin est avec sa mère quand la voiture tombe en panne. Gates arrive, frappe la mère de Kevin et il poursuit l'enfant. Inexplicablement, Kevin qui a un don d'ubiquité se trouve dans la voiture de sa mère. Elle percute Gates et fonce dans un fossé. La mère de Kevin meurt et Scully jure de protéger Kevin. Mulder apprend que Gates a loué une voiture au nom de Forau (un disciple du Diable).
Lorsque Kevin se lave, Scully voit des entailles au niveau des côtes, comme Jésus. Elle en parle à Mulder, mais celui-ci ne croit pas que Kevin soit un miracle. Ils entendent un bruit, vont dans la salle de bain, mais Kevin a disparu. Les barreaux de fer recouvrant la fenêtre ont été sectionnés. Scully va voir le père de Kevin, mais il est sous médication et il ne peut pas se concentrer. Mais Scully regarde une poubelle de recyclage et trouve ce que veut dire « La vérité est au centre du cercle ». Elle pense que le centre du cercle signifie que Gates a amené Kevin dans un centre de recyclage qui lui appartient. Mulder qui est toujours sceptique croit plutôt au témoignage d'une personne qui a vu Gates à l'aéroport.
Scully arrive au centre de recyclage et voit Gates raconter à Kevin qu'il doit mourir pour la nouvelle ère qui arrive. Gates monte des escaliers avec Kevin pour tenter de s'enfuir. Ils se tiennent sur des galeries en fer avec Kevin. Il essaie de sauter dans un gigantesque broyeur, mais le garçon se tient après la galerie et Gates meurt broyé. Quand Scully rejoint Kevin, il lui dit qu'il savait qu'elle viendrait.
Deux jours plus tard, les mains de Kevin guérissent et il dit à Scully qu'il va la revoir. Scully se rend à l'église et se confesse auprès d'un prêtre. Elle lui demande s'il croit aux miracles. Elle lui dit qu'elle a vu les miracles alors que Mulder n'a rien vu. Le prêtre lui mentionne que la vérité est parfois au centre du cercle. Scully n'est pas surprise d'entendre cette révélation. Elle a peur que Dieu essaie de parler et que personne l'écoute.