Le Dr Bugger raconte l'histoire des cancrelats. Il en écrase un avec son pied. Tout d'un coup, Bugger se tient la poitrine et s'écroule sur le sol. Il est couvert de cafards. Un agent de désinfectation, le Professeur Eckerle le retrouve.
Mulder est proche. Il est venu enquêter sur des lueurs signalées dans le ciel. Il est dans sa voiture et appelle Scully qui lui fait un discours sur l'existence des extraterrestres. Un policier local vient interrompre Mulder, mais il doit tout de suite partir parce qu'il y a eu une attaque de cafards.
Il rappelle Scully et lui annonce que les cafards se mettent à tuer les gens. Il lui mentionne la mort de l'exterminateur et de deux autres personnes.
Ailleurs, trois adolescents se droguent. L'un d'entre eux voit des cafards se promener sous sa peau. Il prend une lame de rasoir et s'entaille les poignets. D'après Scully, il existe une explication. Elle parle du syndrôme d'Ebkom, une hallucination associée à la prise des drogues. Mulder attrape un cafard, mais en le manipulant, il se blesse ce qui lui fait penser que l'exosquelette est fait de métal. Le shérif se demande si le gouvernement n'a pas créé une nouvelle sorte de cafards tueurs.
Le médecin demande à Mulder s'il existe un danger. Plus tard, on le retrouve mort et les cancrelats couvrent son corps. Scully, pour sa part, a une autre explication : Un effort trop soutenu provoque un angiome célébral.
Mulder entre par infraction dans un centre de recherche. Scully le rappelle et lui fait part de plusieurs travaux portant sur une nouvelle espèce de cafards qui est attiré par la lumière ce qui pourrait expliquer tous les témoignages recueillis. Pendant ce temps, Mulder voit le mur ondulé et des milliers de cancrelats sortent. La lumière s'allume et une femme se présente à Mulder. Son nom est Bambi Berenbaum et elle travaille pour le Département de l'agriculture américain, elle étudie les cafards. Elle pense que les OVNIs sont des essaims d'insectes sortant la nuit. Le téléphone de Mulder se remet à sonner, il répond seulement : «Plus tard» et il raccroche.
À l'hôtel où Mulder dort, un homme regarde la télévision. Pendant ce temps, Mulder appelle Scully et lui parle de Bambi et ses théories. Scully semble jalouse. Mulder entend crier et il trouve le cadavre de l'homme qui regardait la télévision. Les autres résidents ont vu des cafards, mais quand Mulder arrive à la chambre, tous les insectes ont disparu. Mulder pense que l'homme est mort de peur et que toutes les théories de Scully sont vraies. Scully est prise d'un doute et se rend à Grover Mill.
Mulder amène un cafard à Bambi. Elle réalise qu'il pourrait être artificiel. Mulder va trouver un expert, le Dr Ivanov, il crée des robots qui ressemblent à des insectes. Pendant qu'ils parlent, Mulder voit un cafard traverser l'écran.
Scully arrive dans un magasin et tout le monde panique et se dispute pour les insecticides. Scully élève la voix et réussit à calmer les gens jusqu'au moment où 2 femmes se disputent pour la même bouteille d'insecticide. Tout le monde sort en vitesse, sauf Scully.
En quittant le bureau de Professeur Ivanov, il trouve un cafard. Selon Bambi, il s'agit d'un cafard ordinaire. Scully appelle et annonce à Mulder qu'Eckerle faisait des recherches sur le matane et il s'est fait livrer du fumier ce qui explique l'invasion. Les cafards sont des coprophages et ils mangent des excréments.
Mulder va retrouver Eckerle. Celui-ci est apeuré, il prend son arme et menace Mulder. Pendant ce temps, Scully arrive et rencontre Bambi. Celle-ci offre son aide, mais Scully refuse.
Le téléphone de Mulder sonne. Eckerle sursaute, il tire sur Mulder, mais il manque sa cible. Il créé plutôt une fuite de méthane. Mulder et Scully quittent le lieu en courant, ils se cachent derrière les voitures et le centre explose. Ils se relèvent couverts du fumier.
Plus tard, le shérif raconte à Mulder et à Scully que durant la nuit, il y a eu de nombreux cas d'intoxication aux insecticides, d'incendies et de pillages. Le Professur Ivanov se rend sur les lieux et fait la connaissance de Bambi. Les deux scientifiques s'en vont ensemble.
Devant son ordinateur, Mulder écrit son rapport tout en mangeant. Tendant la main vers sa nourriture, il voit un cafard. Il prend un dossier des affaires non classées, le regarde pendant un instant et il l'écrase.