COVID-19 : Qu'est que c'est ce virus ?

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La maladie à coronavirus 2019, abrégée en COVID-19 (acronyme anglais signifiant coronavirus disease 2019), est une maladie infectieuse émergente de type zoonose virale, provoquée par le coronavirus SARS-CoV-2 (ex 2019-nCoV), responsable à partir de novembre 2019 à Wuhan (capitale de la province du Hubei, en Chine centrale) d'une épidémie, requalifiée en mars 2020 par l'OMS en pandémie.
La pandémie touche sévèrement des pays comme l'Italie, intégralement mise en quarantaine en mars, provoquant des annulations en série de manifestations et déplacements, affectant l'économie mondiale et déclenchant des mesures exceptionnelles dont l'interdiction pour les citoyens de l'espace Schengen d'entrer aux États-Unis, décrétée par le président Donald Trump, et provoquant un krach boursier en Europe et en Amérique du Nord le 12 mars 2020

Découverte de la maladie
Le premier cas rapporté est un patient de 55 ans tombé malade le 17 novembre 2019 selon le South China Morning Post.

Le 15 décembre le nombre de cas était de 27, et le 20 décembre de 60, incluant plusieurs personnes qui travaillaient au marché de gros de fruits de mer de Huanan sont hospitalisées à l'hôpital de Wuhan pour pneumopathie8.
Le 21 décembre, le kit diagnostic ciblant 22 germes pathogènes respiratoires (18 virus et 4 bactéries) donnant un résultat négatif, les médecins réalisent qu'ils sont en présence d'un nouvel agent pathogène respiratoire.

Certains évoquent la « maladie X » (nom donné en 2018 par l'OMS à une maladie susceptible de causer un danger international)

Pénétration du virus dans l'organisme
Article détaillé : SARS-CoV-2 ou 2019-nCoV (le virus).
Les virus infectent généralement les cellules en y entrant via une endocytose médiée par un récepteur auquel le virus doit d'abord se lier. Les récepteurs utilisés par le SARS-CoV-2 est une protéine de surface cellulaire : l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) ; la même que pour le SARS-CoV. Les « cellules à AT2 » sont connues pour être sujettes aux infections virales13. L'ACE2 est une enzyme de conversion des récepteurs cellulaires de l'angiotensine II. Elle est présente sur des « cellules épithéliales alvéolaires AT2 » dans les alvéoles pulmonaires, mais aussi dans l'œsophage, (dans les cellules épithéliales supérieures et stratifiées), dans les entérocytes absorbants de l'iléon et du côlon et dans le pancréas (de légères pancréatites sont d'ailleurs observés (via analyses d'amylase et de lipase et via l'imagerie médicale) chez les malades légèrement ou sévèrement atteints par la COVID-19.

L'une des protéines régulant l'endocytose est la kinase 1, associée à AP2 (AAK1). Ceci en fait une cible thérapeutique : des antiviraux pourraient modifier son fonctionnement, et ainsi protéger de l'infection.

Le virus pourrait s'introduire dans le liquide céphalo-rachidien des contaminés.

Répartition du virus dans l'organisme
Elle n'est pas encore précisément connue. Et elle pourrait varier selon les souches virales.

Selon une synthèse basée sur 1070 échantillons prélevés à l'hôpital en Chine en janvier-février 2020 et publiée le 11 mars 2020  les taux positifs les plus élevés ont été trouvés dans les lavages bronchoalvéolaires (14 cas sur 15 ; soit 93%). Venaient ensuite les expectorations (72 cas sur 104 ; 72%), les écouvillons nasaux (5 cas sur 8 ; 63%), la biopsie par fibrobronchoscopie (6 cas sur 13 ; 46 %), le pharynx (126 cas sur 398 ; 32%), les matières fécales (44 cas sur 153 ; 29%) et enfin dans le sang (3 cas sur 307 ; 1%). Dans aucun cas le virus a été retrouvé dans l'urine, mais les auteurs notent qu'un SARS-CoV-2 infectieux a été trouvé dans les selles de 2 patients sans diarrhées

Incubation
La période d'incubation de la COVID-19 serait d'environ cinq jours, le plus souvent comprise entre trois et sept jours. Exceptionnellement, pour un peu plus de 1% des cas, le temps d'incubation dépasse quatorze jours et très exceptionnellement pourrait durer jusqu'à 24 jours.
Quatorze jours est donc considéré comme un bon délai de sécurité pour savoir si une personne est symptomatiquement infectée, et pour éviter qu'elle ne contamine d'autres gens hors de sa zone de confinement.

Historiquement, fin janvier l'OMS, en se basant notamment sur les observations anciennes faites sur le MERS, a estimé la durée d'incubation à en moyenne cinq jours (entre deux et dix jours). On savait aussi déjà qu'« on peut être contagieux avant que les signes cliniques soient là », voire sans symptômes, comme avec la grippe ; et « que les cas secondaires sont de plus en plus fréquents ».

Le 6 février 2020, une étude chinoise supervisée par Zhong Nanshan (médecin ayant découvert le SRAS en 2003), menée sur près de 1 100 patients conclut à une incubation de 0 à 24 jours, avec une durée médiane de trois jours

Le 10 mars, une étude internationale estime l'incubation à 5,1 jours en moyenne, et que 97,5 % des personnes seront malades ,5 jours après le contact infectieux. Même si dans 101 cas sur 10 000 (99e percentile), les 14 jours sont dépassés, les auteurs principaux, le docteur Lauer et Ms. Grantz, jugent qu'il n'y a pas lieu de remettre en cause la durée de 14 jours de quarantaine

Transmission
La première étude (425 premiers cas) dans The New England Journal of Medicine, montre que la transmission inter-humaine date au moins de la mi-décembre 2019.

Pour éviter une trop grande proxémie, une distance supérieure à un mètre semble généralement suffisante pour se protéger, par précaution 2 m, voire plus, sont parfois proposés ou imposés.
Le 10 mars 2020, la presse relate une étude chinoise qui porterait cette distance à 4,50 m en milieu clos (bus par exemple). En présence d'aérosols et non de gouttelettes, le masque FFP2 est efficace.

Contagiosité
La contagiosité du SARS-Cov-2 serait notamment due à sa capacité à être clivé par la furine (protéine présente dans de nombreux tissus), ce qui n'était pas le cas des deux autres coronavirus hautement pathogènes pour l'humain

Chez les enfants
Ils ne présentent souvent que des symptômes bénins (ou aucun symptômes) mais excrètent le virus et peuvent être alors contagieux. De plus l'excrétion virale dans les selles persiste même après la disparition du virus dans les excrétions nasales ou dans les écouvillonages de la gorge, avec des écarts constatés de 8 à 20 jours. Ce fait fait évoquer des mécanismes différents de ceux constatés chez les adultes.

Taux de contagion
Selon de premiers travaux de recherche, le taux de reproduction de base (noté R0) qui est un indice de contagiosité se situerait entre 2,2 et 3,5. Il est de 2,2 (intervalle de confiance 95 %, de 1,4 à 3,9) sur les 425 premiers cas confirmés29.
Une revue de la littérature publiée entre le 1er janvier 2020 et le 7 février 2020 indique une médiane du taux de reproduction de base (R0) à 2,79.

Ce taux pourrait varier selon les souches émergente du virus ou avec une baisse de virulence (classique chez le virus en cas de pandémie)

Transmission en phase d'incubation
Elle est prouvée par des tests faits systématiquement chez des sujets ayant eu un contact avec un cas « index »19. On a, ainsi mis en évidence :

la présence du SARS-CoV-2 dans des frottis nasopharyngés au moyen de la technique de PCR quantitative par transcriptase inverse (qRT-PCR) ;
Une étude de la charge virale des écouvillons nasaux et de la gorge obtenus auprès des 17 patients symptomatiques en fonction du jour d'apparition de tout symptôme est publiée le 19 février
une charge virale élevée (environ 100 000 000 de copies (du virus) par millilitre de crachat).

Transmission durant la maladie
Des charges virales plus élevées sont détectées peu après l'apparition des symptômes, avec des valeurs plus fortes dans le nez que dans la gorge. Le schéma d'excrétion virale par les malades symptomatiques semble plus proche de celui des sujets grippés que de celui observé chez les patients infectés par le SARS-CoV

Voies de transmission interhumaine

Au 14 mars les modalités précises de transmission sont encore mal cernées. Certaines personnes infectées n'ont pas transmis le virus, tandis que d'autres l'ont transmis à plusieurs personnes.

Plusieurs voies de transmission semblent coexister :

La voie respiratoire directe : C'est la plus commune. Elle se fait via l'inhalation de gouttelettes respiratoires expulsées par le nez ou par la bouche d'une personne infectée[réf. nécessaire] ;
par contact avec une surface ou un objet infecté : Les doigts qui se sont contaminés sur une surface, s'ils sont ensuite portés à la bouche, près des narines ou sur l'œil, peuvent être vecteurs du virus. Les virus du SRAS et du MERS pouvaient rester infectieux sur des surfaces lisses et certains objets (dits fomites): ceci est aussi démontré depuis février 2020 pour le SARS-CoV-2. Mi-mars, on estime qu'à l'intérieur d'une pièce, un coronavirus reste infectieux 9 jours sur des substrats lisses non-poreux, sauf sur le cuivre ou les métaux à base de cuivre (laiton, bronze) qui sont naturellement biocides. La demie-vie du HCoV-19 (temps nécessaire pour que la moitié des virus soient inactivés) est d'environ 13 heures sur de l'inox et 16 heure sur du polypropylène

Par des virus aérosolisés : une transmission par aérosols a été suggérée par l'OMS et confirmée 46 (le virus pouvant alors rester infectieux 2 à 3 h dans l'air, sans doute plus si l'hygrométrie est très élevée) ;

par des particules ou gouttelettes fécales ou des personnes se lavant mal les mains après être passées aux toilettes. Ceci a d'abord été suggéré en février par deux laboratoires d'État chinois puis confirmé dans JAMA le 12 mars 2020, ce qui est cohérent avec le fait que le récepteur de surface utilisé par le virus pour pénétrer dans une cellule est aussi présent dans les entérocytes de l'iléon et dans les colonocytes du tube digestif;

Par des eaux usées (en cas de fuites...) : lors de la pandémie de SRAS 2002-2003, une flambée majeure de SARS-CoV a concerné 321 personnes infectées dans un même immeuble de grande hauteur, au même moment, à Hong Kong. La conduite d'eau usée qui descendait à l'extérieur à proximité d'une rangée verticale de climatiseurs et de fenêtres a été jugée responsable de cette brutale contagion.

Transmission par des sujets asymptomatiques
Elle existe ; et leur charge virale est similaire à celle des patients symptomatiques. On le sait grâce au test RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase en transcription inverse) qui peut détecter à la fois la COVID-19 symptomatique et asymptomatique et les autorités chinoises l'ont confirmé dès le 26 janvier 2020.

Cependant mi-mars 2020, la part réelle des asymptomatiques parmi les malades reste inconnue. On sait néanmoins que :

des transmissions précoces ont été signalées ;
En Chine pour les cas avérés (testés par RT-PCR), 1 % environ étaient asymptomatiques (ni fièvre, ni toux sèche ni fatigue)56, chiffre sous-estimé car n'ont été testés que des cas suspects ;

en Allemagne, 2 malades asymptomatiques ont été détectés par RT-PCR parmi 114 voyageurs (1,8 %) venant de Wuhan, alors que tous avaient réussi le dépistage basé sur les symptômes ;
Des Japonais évacués du foyer chinois initial ont été diagnostiqués infectés malgré un test RT-PCR initialement négatif. Un homme d’une cinquantaine d’années (qui avait pris le 1er vol d’évacuation de Wuhan le 29 janvier 2020) a même été testé négatif à deux reprises avant de finalement se montrer atteint au 3e test (12 jours plus tard), et ce après qu'il soit resté isolé depuis son retour ;

parmi les passagers du bateau de croisière Diamond Princess testés par PCR, beaucoup étaient porteurs asymptomatiques ; et le nombre de passagers testés positifs a ensuite continué à augmenter 57. Faute d’un nombre suffisant de lits d’isolement à terre, les malades peu symptomatiques ont été traités à bord. Selon Bwire & Paulo (2020), faute de plans de gestion transnationaux clairs pour le traitement, l'isolement, la quarantaine et l'évacuation des passagers de navires de croisière, ceux-ci « peuvent être le maillon faible » de la lutte contre une telle épidémie (l’Oasis of the Seas embarque jusqu'à 6 296 passagers dans 2 706 cabines) ;
même très gravement atteints, quelques malades n’ont pas de fièvre (sur 138 patients hospitalisés à Wuhan 98,6 % avaient de la fièvre mais 2 patients (1,4 %), en unité de soins non intensifs, n’en avaient pas;

les jeunes et les enfants semblent plus souvent asymptomatiques ou peu symptomatiques ; leur rôle dans la contagion pourrait avoir été sous-estimé, d'autant qu'il y a proportionnellement peu d'enfants en Chine (début mars 2020, dans le monde, 300 millions d'enfants ne se sont pas rendus dans les écoles, ce qui serait alors une mesure utile).
Ces éléments confèrent à la COVID-19 un potentiel pandémique élevé. La détection et l'isolement précoce des cas asymptomatiques pourrait donc être utile mais implique de modifier les stratégies de gestion de la pandémie ;

les sujets asymptomatiques capables de transmettre des virus sont courants dans les autres infections à coronavirus

Une étude sur 24 personnes sans signes cliniques mais hospitalisées car ayant un RT-PCR positif montre que seuls 20 % présenteront des signes cliniques, 70 % présenteront des anomalies pulmonaires au CT-SCAN. Les 30 % restants n'auront ni signe clinique ni anomalie pulmonaire. Ces sept cas étaient plus jeunes que les autres avec une médiane d'âge de 14 ans. La médiane de temps entre le premier test positif et la disparition du virus est de dix jours mais avec un maximum de 21 jours. Aucun n'eut de forme sévère. Des contacts des porteurs asymptomatiques ont développé des formes sévères.

Un article (5 mars 2020) confirme l'existence de porteur asymptomatique ayant infecté cinq personnes quatre jours avant l'apparition des premiers symptômes chez lui et qui a été positive à son retour en Chine quatre jours après. Un des patients contaminés est resté positif au test RT-PCR avec une charge virale élevée dans les expectorations ce qui suscitent des inquiétudes concernant une excrétion prolongée de SARS-CoV-2 après la récupération. Pourtant, la viabilité du SARS-CoV-2 détecté sur RT-PCR chez ce patient reste à prouver au moyen d'une culture virale.

Survie du virus hors de l'organisme
Elle a dans un premier temps été estimée comprise entre trois heures (en milieu sec) et trois jours (en milieu humide), mais comme pour la plupart des virus, elle varie beaucoup selon les conditions de température et d'humidité, de lumière (les UV solaire le détruisent), et selon le type de surface sur laquelle le virus ou les gouttelettes en contenant se sont déposés.

En février on estimait que le pouvoir infectieux du virus disparaissait en quelques heures. On notait cependant que la COVID-19 se montrait bien plus contagieuse que le SRAS et encore bien plus que le MERS, surtout pour le personnel soignant, surexposées, et ce malgré les masques chirurgicaux souvent.

Une étude américaine récente (10 mars 2020, à paraître dans le NEJM) a mesuré le temps de 'survie' des virus SARS-Cov-2 et du SARS-Cov ; 1) en aérosol (en suspension sèche dans l'air, c'est à dire hors de gouttelettes) et 2) sur 4 types de surfaces

Transmission homme-animal
Un cas de transmission homme-animal semble documenté à Hong Kong65. Il s'agit d'un poméranien testé faiblement positif après que son propriétaire a développé une COVID-19. Selon le ministère de l'Agriculture, des Pêches et de la Conservation de Hong Kong, les experts pensaient unanimement que ce chien avait « un faible niveau d'infection et qu'il s'agirait probablement d'un cas de transmission d'homme à animal »

Symptômes et manifestations cliniques

En février 2020, les signes cliniques sont, selon le British Medical Journal, en fonction de leur fréquence :

Signes cliniques principaux :
la fièvre (sauf chez l'enfant) chez 83 à 98 % des patients,
la toux, le plus souvent sèche, chez 59 à 82 % des patients,
la dyspnée chez 31 à 55 % des patients.
Signes secondaires :
la fatigue chez 44 à 69 % des patients,
les douleurs musculaires chez 11 à 44 % des patients,
des maux de gorge chez 5 à 17 % des patients,
des crachats chez 26 à 28 % des patients,
une perte d'appétit chez 40 % des patients.
Autres signes (retrouvés dans moins de 10 % des cas) :
céphalée chez 6 à 8 % des patients
vertiges chez 9 % des patients,
crachats sanglants chez 5 % des patients,
douleurs de poitrine chez 2 à 5 % des patients,
écoulement nasal chez 4 % des patients,
gastro-intestinaux (douleur ou diarrhée) chez 1 à 10 % des patients.

Il peut ne pas y avoir toujours de fièvre et elle n'est pas toujours le premier signe de la maladie (elle peut apparaître après la toux). Sur une étude de 1 099 cas publiée le 28 février dans le NEJM, seules 44 % des personnes étaient fébriles à leur admission, d'autres sont devenues fébriles après leur admission, et 11 % des cas n'ont pas été fiévreux (ici une fièvre est définie comme une température supérieure à 37,5 °C au creux axillaire (sous le bras))

La diarrhée ou des douleurs abdominales apparaissent un ou deux jours avant les troubles respiratoires dans 10 % des cas dans une étude sur 138 patients dans le JAMA publiée le 7 février 2020.

Les critères de gravité sont : une fréquence respiratoire supérieure à 30 par minute, une saturation en oxygène au repos inférieure à 93 % (SaO2), un rapport pression en oxygène sur concentration en oxygène inférieur à 300 mm de mercure (PaO2/FiO2).

Les principales complications sont une détresse respiratoire aiguë dans 30 % des cas, une myocardite dans 10 % des cas et une surinfection bactérienne dans 10 % des cas.

Formes critiques
Chez 52 personnes hospitalisées en unité de soins intensifs, la fièvre était le symptôme le plus fréquent, associée à la pneumonie à SARS-CoV-2, mais tous les patients n'avaient pas de fièvre. Chez six d'entre eux (11,5 %), la fièvre ne fut détectée que deux à huit jours plus tard, et non durant les débuts de la maladie.

Le retard de la manifestation fiévreuse empêche l'identification précoce des patients infectés par le SARS-CoV-2 — s'ils sont asymptomatiques, et complique l'identification des cas suspects

Critères de guérison
Les critères de guérison selon la China National Health Commission sont131 :

température normale durant plus de trois jours ;
disparition des symptômes respiratoires ;
amélioration nette des images de tomodensitométrie thoracique ;
deux résultats consécutifs du test RT-PCR négatifs, séparés par au moins un jour.

Facteurs de risque de mortalité
Ils ont été mis à jour le 9 mars 2020 par une étude rétrospective des facteurs de risques chez 191 patients dont 137 ont guéri et 54 sont morts à l’hôpital. Les facteur de risques de mortalité sont :

une comorbidité (présente dans 48% des cas). Il s’agit d’hypertension le plus souvent (30 % des comorbidités), devant le diabète (19 %) et les maladies coronariennes (8 %) ;
un âge avancé ;

un Score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment) élevé, c’est-à-dire un risque élevé de défaillances d'organes;
un taux de d-dimère supérieur à 1 μg/L lors de l’admission.
Ces informations aideront les cliniciens à mieux identifier, et précocement, les patients à risque

Prévention

Le virus est sensible à tous les désinfectants habituels.

La prévention repose essentiellement sur l'évitement de tout contact avec un sujet suspect ou confirmé, le lavage fréquent des mains, l'utilisation de mouchoirs jetables ou encore, la désinfection des mains après contact avec des surfaces contaminées telles que des poignées de portes, tousser dans son coude pour éviter la production d'aérosols ou les échanges manuels. Il est vivement conseillé aux personnes présentant un état grippal de surveiller leur température. L'ingestion de viande ou d'œuf mal cuits est déconseillée

Tout est une question d'échelle : le coronavirus a une taille moyenne de 100 nanomètres, soit 0,1 micromètre. Il est donc 17 millions de fois plus petit qu'un être humain de 1m70. Il voit donc le monde 17 millions de fois plus grand que nous. Ainsi la carte de France de 6 cm qui est sur votre agenda est aussi grande, par rapport à lui, que la France réelle l'est, par rapport à nous. Comment peut-il faire autant de dégâts ? Je pense que c'est dû au fait que plus un être vivant est petit, plus il est rapide, c'est pourquoi il est pratiquement impossible d'attraper une mouche. Je pense qu'un insecte 60 fois plus petit que nous vit 60 fois plus vite, ainsi une seconde semble durer une minute pour lui. Puisque le coronavirus est 17 millions de fois plus petit, il vit 17 millions de fois plus vite, donc une seconde dure pour lui 200 jours, soit environ 7 mois. Les colonies ont largement le temps de parcourir la France de 6 cm qui est sur votre agenda. Qu'en pensez-vous ?

tres interessant comme déduction  Jean, est ce que cela veut dire qu'on ne peut pas l'arreter ?
Mais que du coup le temps joue en notre faveur et qu'il va mourrir de lui meme bientot ?

très instructif, bonne lecture .....

« les gilets jaunes sont des êtres substituables » Laurent Alexandre
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Trump crée un nouveau poste à la Maison Blanche dédié à la lutte
contre le trafic d’êtres humains....
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Macron...son pacte mondial...et les vaccins...Bill Gates!!!
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a 12mn50 le Président Malgache, parle d'une plante contre le
covid, a 18mnles journaleux critique les lanceur d'alerte, a
20mn45 une femme médecin nous dit ce qu'elle pense de la
pandémie, et a 29mn un autre moment très intéressant ....

ca c'est pour les gens qui n'ont pas le temps lollll maintenant vous
pouvez la visionner entière