Dans l'introduction, Mulder explique le voyage de deux vaisseaux nommés Voyager contenant chacun un message : des images de la Terre et le message, le tout accompagné du Concerto brandebourgeois n°2 de Bach. Envoyés dans l'espace, l'extraterrestre les ayant interceptés peut alors comprendre le message. Pendant 14 ans, jamais Voyager 1 a été intercepté. La NASA a construit un immense récepteur radio astronomique pouvant capter de nombreuses fréquences utilisées par les extraterrestres. Mais il a été mis hors service. Un soir, tous les appareils s'allument et un message est transmis.
Après la fermeture des affaires non-classées, Mulder est muté à la surveillance électronique, endroit et emploi l'ennuyant énormément. Scully, quant à elle, est affectée à l'Académie de Quantico où elle enseigne à des futurs médecins légistes. Elle fixe un rendez-vous clandestin à Mulder. Au rendez-vous, il lui parle d'un homme Georges Hales, un astronome ayant construit le plus grand télescope du monde. Scully sent qu'il s'ennuie des X-files. Elle le convainc de ne pas abandonner les affaires non-classées même s'il n'y est plus affecté.
Par un soir, Mulder rêve de l'enlèvement de sa sœur Samantha. Les deux enfants écoutaient les informations et jouaient au Stratego. Les lumières s'éteignent et la terre se met à trembler. Quelqu'un entre dans la pièce. Samantha se met à crier. Elle est suspendue dans les airs et s'apprête à sortie par la fenêtre. Mulder va chercher l'arme à son père, mais une lumière aveuglante jaillit. Il crie le nom de sa sœur, mais il reste paralysé. Il voit sa sœur disparaître. Il se réveille de ce cauchemar. Un homme ouvre sa porte et l'amène voir le sénateur Matheson qui lui fait écouter le Concerto de Bach. Il demande à Mulder de se rendre dans l'ancien laboratoire (à Puerto Rico) enfin d'établir un contact. Il dispose de 24 heures avant que brigade d'intervention ufologique arrive.
Il s'y rend sur-le-champ. Il commente tout ce qu'il voit à Scully sur un magnétophone. Dans les toilettes, Mulder trouve un homme paniqué de race espagnole, Jorge. Il dessine un extraterrestre sur le mur. Mulder comprend qu'ils sont venus. Un soir de grands vents, Jorge court à l'extérieur après avoir entendu la musique de Bach. Mulder le retrouve mort, décès relié à une très grande peur. La terre se met à trembler. Mulder allume les magnétophones et attend de les voir. Il établit le premier contact. Mulder perd conscience.
Pendant ce temps, Scully et le bureau le cherchent. Elle se rend à son appartement et pénètre dans son ordinateur en écrivant le mot "trustno1" comme mot de passe. Ainsi, elle trouve une feuille qu'elle cache dans son manteau. Cette feuille est la meilleure preuve prouvant l'existence des extraterrestres. Un signal intermittent de très haute intensité, que seulement les extraterrestres peuvent émettre, a été capté par le télescope et la transmission (feuille) a été imprimée. Deux agents entrent disant surveiller l'appartement. Elle prétend vouloir nourrir les poissons. Vérifiant la liste des passagers vers Puerto Rico, elle voit le nom de Georges Hale. Elle sait maintenant qu'il est à Puerto Rico. Elle s'y rend faisant attention de ne pas être suivi.
Arrivée à Puerto Rico, Scully réveille Mulder lorsqu'elle le voit allonger sur le sol. Il lui annonce qu'il les a vus. Il lui montre la bande magnétique renfermant la preuve de leur venu. La brigade d'intervention urologique arrive. Mulder prend la bande et se sauve avec Scully.
Rendu au FBI, Mulder se fait sermonner par Skinner qui le menace de le sanctionné parce qu'il a abandonné son poste. Mulder se défend en disant que son téléphone était sur écoute illégalement. Skinner regarde l'Homme à la cigarette ne sachant plus quoi dire et l'oblige à sortir du bureau.
Mulder est accompagné de Scully. Ils regardent ce qu'il y a sur les bandes magnétiques. Il n'y a plus rien, plus aucune preuve. Tout a été effacé. Ceci est dû à l'éclair.
Scully le regarde perplexe et lui prend la main. Elle s'en va. Mulder reprend sa surveillance, il baisse le son et écoute son enregistrement.