Dans la Mer de Beaufort, un sous-marin se prépare à faire feu sur une épave quand une grande lumière et un signal très aiguë surviennent. Le sous-marin perd la maîtrise de l’appareil. Le capitaine exige que le sous-marin se rende à la surface malgré les 15 mètres de glace au-dessus d’eux.
Scully vit toujours un dilemme : Qui est le vrai Mulder ? Se doutant que le Mulder devant elle ne soit pas le vrai, elle prend son arme et le menace. Lorsqu’elle s’approche de lui, il la frappe, la jette sur une petite table en vitre et l’amène. Lorsque le vrai Mulder et Samantha arrivent, ils ne peuvent que constater sa disparition. Samantha dévoile la seule façon de tuer le mercenaire : viser la base de son cou. Elle ajoute que le sang du mercenaire est toxique pour les humains. Par la suite, un rétrovirus se forme dans le sang des humains. Au froid, le rétrovirus reste endormi, mais lorsque le corps se réchauffe, le sang épaissit.
Mulder et Samantha attendent patiemment le mercenaire. Samantha renseigne Mulder sur ses parents : vers les années 1940, les deux premiers visiteurs ont fondé une colonie en créant des clones mi-humains et mi-extraterrestres afin de devenir propriétaire de la planète. Les mercenaires veulent les tuer pour empêcher cette colonie et cet envahissement. Skinner frappe à la porte. Voyant qu’il n’est pas le mercenaire, Mulder demande son aide. Scully appelle. Le mercenaire est prêt à faire un échange, elle contre Samantha. Sur un pont, lors de l’échange, des tireurs d’élite visent la base de cou au mercenaire, mais celui-ci tombe dans l’eau amenant Samantha dans sa chute. Mulder annonce la nouvelle à son père qui n’est pas très content. William Mulder remet une enveloppe à Mulder, c’est sa sœur qui l’a laissée pour lui. Elle comprend une carte d’accès ainsi qu’une adresse.
Devant l’adresse, Mulder reçoit un appel de Scully. Sa sœur a été retrouvée morte. Après la conversation, Scully remarque que le corps de Samantha fond à la chaleur. Mulder entre tout de même à l’adresse de sa sœur, il aperçoit tous les clones de Samantha. Le mercenaire déclenche un incendie, tue toutes les Samantha et frappe Mulder. Plus tard, les pompiers viennent le récupérer. Mulder apprend par X qu’un sous-marin a repéré l’avion du mercenaire. Le gouvernement a envoyé des navires sur place pour empêcher le mercenaire de s’enfuir. Mulder se rend où le sous-marin a échoué. Scully remarque sa disparition lorsqu’il va à son appartement et voit des journaux à sa porte. Elle fait tout pour le retrouver : demander l’aide de Skinner et même de X. Skinner commence par refuser, mais il le regrette, ensuite, pour X, il l’ignore. À l’ascenseur de l’immeuble à Mulder, Skinner et X se croisent, une dure bataille éclate et Skinner obtient la position de Mulder.
Sur une banquise, Mulder se trouve devant le kiosque du sous-marin. À l’intérieur, le mercenaire l’attaque et le frappe lorsque Mulder implore Samantha. Mulder vise la base du cou avec son arme, mais il le manque. Son sang l’intoxique. Le mercenaire l’amène sur le haut du kiosque et le jette à l’extérieur, Mulder tombe sous l’aile du kiosque. Le sous-marin redescend dans l’eau, Mulder s’éloigne pour ne pas se blesser.
Scully arrive en catastrophe à l’urgence d’un hôpital militaire. Mulder est en état d’hypothermie. Il a été récupéré par une équipe de secours que Scully a envoyée. Elle retire Mulder de l’eau chaude et elle le réanime. Aux soins intensifs, Scully veille sur lui. Plusieurs traitements antiviraux et plusieurs transfusions guérissent Mulder. Lorsqu’il se réveille, Scully l’accueille avec un grand sourire. Mulder annonce qu’il n’a pas trouvé ce qu’il voulait, mais il a trouvé ce qu’il a longtemps cherché : le besoin de comprendre.