Scully arrive en catastrophe à l’urgence d’un hôpital militaire. Mulder est en état d’hypothermie. Elle refuse que les médecins le mettent dans l’eau chaude, il faut qu’il reste à la même température.
Deux semaines plus tôt, des matelots récupèrent le pilote d’un OVNI s’ayant écrasé dans l’océan, un Bounty Hunters (un mercenaire). Le voyant à la télévision, Dr Landon Prince s’enfuit, mais dans le couloir, il le croise et se fait tuer. Mulder reçoit trois petites annonces recherchant différents docteurs ayant tous la même apparence : Landon Prince, Dale Gayhart et Harvey Buchanon. Les agents appellent au numéro de téléphone de l’annonce. Un autre sosie, le Dr Baker, a été aperçu à Syracuse. Mulder envoie l’Agent Weiss, mais il se fait tuer par un Bounty Hunters. Lorsque les agents se rendent à la résidence, ils voient «l’Agent Weiss», le vrai agent est caché dans le coffre arrière de sa propre voiture.
À son bureau, Mulder informe Scully du décès de Weiss. Elle n’y croit pas puisqu’elle a vu Weiss. Elle a reçu, par courriel, la photo du Dr James Dickens, un autre sosie. Chez Dickens, Mulder rencontre Ambrose Chapel, un agent de la CIA. Ils expliquent à Mulder et à Scully que les médecins sont des clones et qu’ils existent depuis 10 ans. Le projet de clonage a comme nom : Gregor. Quelqu’un a décidé que les médecins devaient tous se faire tuer par un mercenaire russe en échange de la suppression de tous les documents reliés à l’ADN des clones. Les Gregor ont contacté les agents parce qu’ils savaient qu’ils dénonceraient le complot. C’est Chapel l’auteur de la petite annonce. Mulder avise Chapel qu’ils ont localisé Dickens.
Une jeune femme et le Dr James Dickens entrent dans un appartement, peu après, Mulder, Scully et Chapel frappent à leur porte. En voyant Chapel, Dickens saute par la fenêtre, se lève et s’enfuit. Mulder et Chapel courent après lui. Scully suit Mulder de quelques minutes. Mulder se fait happer par une voiture, Scully l’aide. Dans une ruelle, Chapel coince Dickens, il le tue. Le sang vert se répand sur le sol. Scully arrive et marche dans le sang vert.
Scully doit autopsier Weiss parce que la cause de sa mort est indéterminée. Un agent coagulant lui a été injecté alors son sang n’a pu circuler. Mulder se rappelle que les Gregor peuvent contaminer le sang. Skinner fait venir Mulder, une urgence familiale l’oblige à se rendre chez son père, William. Pendant ce temps, Scully se rend au 3243 Edmonton Street, une adresse inscrite dans la trousse de médecin de Dickens. Là-bas, elle voit Chapel détruire un laboratoire. Rendue chez elle, elle appelle Mulder pour lui faire part de sa découverte, mais elle joint son répondeur. Elle avoue qu’elle a l’impression que quelqu’un l’a suivie.
Chez son père, Mulder voit que sa mère parle à sa sœur Samantha. À l’aide d’une hypnothérapie régressive, elle s’est souvenue de sa vraie famille. Elle apprend à Mulder qu’elle est menacée par les mercenaires. Ceux-ci sont prêts à tuer tous ceux se mettant dans leur chemin. Mulder essaie d’appeler Scully. Samantha l’avertit que Scully ne pourra pas le reconnaître parce qu’il a la capacité de changer d’apparence. Seule elle est capable de le reconnaître.
Scully s’enfuit de chez elle, mais le Bounty Hunter la suit. Elle avertit Mulder de l’endroit où elle se trouvera. Auparavant, elle se rend au 3243 Edmonton Street où elle découvre plusieurs autres sosies, mais ceux-ci se font tuer au commissariat de police. Mulder appelle à l’hôtel de Scully, mais le réceptionniste ne note pas le message alors il ne le transmet pas.
Plus tard, Scully est réveillée par quelqu’un frappant à la porte, c’est Mulder. En même temps, elle reçoit un appel sur son cellulaire, c’est Mulder. Elle ne sait plus lequel est le vrai.