On entend la voix d'Albert Hosteen au début de l'épisode, cet homme est un ancien d'une tribu chez qui Scully a amené Mulder pour le protéger et faire traduire des fichiers top secret dans l'épisode "Anasazi". Il raconte un vieux dicton qui dit : " Une créature vit aussi longtemps qu'une seule personne se souvient d'elle". Il dit aussi que certains voudraient changer l'histoire en éliminant ceux qui la connaissance.
L'homme à la cigarette et ses hommes entrent sans frapper chez Albert et lui demande où sont les fichiers et Mulder.
Quelques temps après, Scully arrive. Elle va où le wagon frigorifique qui est le dernier endroit où a été vu Mulder, mais elle ne découvre que des cendres. Sur la route qui retourne au Washington, Scully est arrêtée par des militaires qui prennent les dossiers qui sont la preuve que le gouvernement a connaissance de l'existence des extraterrestres.
Lorsqu'elle revient au FBI, elle est suspendue de ses fonctions parce qu'elle a désobéit à ses supérieurs. Elle pense que Mulder est mort et elle fit à Skinner que les hommes qui ont tué Mulder et son père ne seront jamais punis.
Elle retourne dans son bureau et elle découvre que la cassette numérique a disparu. L'homme à la cigarette raconte à d'autres hommes dans un salon privé qu'il a les fichiers entre ses mains et qu'ils sont en sécurité.
Scully se rend chez sa mère en pleurant et lui raconte qu'elle a commis une énorme erreur de quoi avoir honte devant son père.
À son appartement, Scully reçoit la visite de Frohike qui vient lui montrer un article qui parle du Cogiteur (celui qui a eu accès aux dossiers top secret). Il a été assassiné d'une façon qui évoque une exécution.
Au Nouveau-Mexique, les busards conduisent les Indiens à Mulder qui est sous un amas de rochers. Il est gravement blessé après sa tentative d'évasion et son errance dans les tunnels souterrains.
En rêve, Mulder reçoit la visite de Gorge Profonde et de son père qui le supplie de retourner sur la terre pour achever ce qu'il a entrepris c'est-à-dire continuer à chercher la vérité.
Dans un état second, Mulder voit des extraterrestres dans le wagon. Ils sont paniqués et il est asphyxié par une bombonne de gaz cyanuré.
Scully retourne au FBI. Elle veut montrer à Skinner l'article du journal. Puisqu'elle est suspendue, elle doit passer sous le détecteur de métal qui sonne dès son passage. L'engin identifié une présence de métal (l'implant) sous sa peau à la base de son cou. Elle va chez le médecin pour retirer l'implant qui au fait, ressemble à une minuscule puce d'ordinateur. Au bout de trois jours, Mulder revient à la vie.
Scully raconte à Mélissa la découverte sur la puce. Mélissa l'encourage à retrouver les souvenirs de son enlèvement, mais Scully veut se tenir loin de l'hypnothérapie. Quand elle retourne chez elle, elle voit Skinner sortir de manière suspecte de son appartement. Mulder entre dans les rêves de Scully. Elle est maintenant convaincue qu'il est vivant, elle se réveille en sursaut ensuite.
Scully va à l'enterrement du père du Mulder, elle est abordée par un homme âgé qui est dans la conspiration avec l'Homme à la cigarette. Il l'avertit qu'elle court un grand danger et qu'elle risque de se faire tuer par quelqu'un à qui elle a confiance. Elle essaie d'avoir plus d'informations, mais il ne répond à rien.
Retournant chez elle, la mère de Mulder retrouve son fils qui l'attend. Chez elle, Scully reçoit un appel de sa sœur, mais elle prend l'avertissement de l'homme âgé au sérieux. Elle rappelle Mélissa, mais elle ne réussit pas à la rejoindre. Scully décide d'aller à sa rencontre, à la sortie de son appartement, elle croise Skinner. Elle l'amène à l'appartement de Mulder pour mieux discuter. Scully est méfiante, elle tire son arme dès qu'ils entrent dans l'appartement. De son côté, Mélissa arrive chez Scully. L'agent Alex Krycek (un des hommes de l'Homme à la cigarette) tire et tue Mélissa par erreur.
Skinner dit à Scully qu'il possède la cassette numérique et qu'il est venu lui rendre. Au même instant, on entend des pas devant la porte de Mulder. Skinner profitant de l'inattention de Scully sort son arme. Maintenant, Skinner et Scully se pointent avec leurs armes respectives.