Un pilote irakien abat un OVNI, qui s'écrase à proximité d'une base américaine, sur la frontière entre l'Irak et la Turquie.
À Reagan, au Tennessee, un camionneur perd toute énergie de son camion et il prétend avoir vu une soucoupe et des lumières. Quand Mulder vient pour l'interroger, le shérif le libère et annonce à Mulder qu'il refuse de coopérer. Mulder est convaincu que le camion transportait un extraterrestre et qu'il le transportait è travers le pays.
Mulder amène Scully chez les Lones Gunmen. Ce groupe est composé de 3 personnes : Langly, Byers et Frohike. C'est un groupe extrémiste de surveillance du gouvernement. L'une d'eux, Langly, se vante d'avoir déjeuné avec "le gars qui a tiré sur John F. Kennedy". Scully les trouve paranoïaque jusqu'à ce qu'elle découvre un micro-espion dissimulé dans son stylo.
Gorge Profonde donne à Mulder un paquet qui orient son enquête vers des installations en Géorgie. Il lui dit qu'il est sur une voie périlleuse. Scully redoute que Mulder ne soit induit en erreur. Mulder dit qu'il a une entière confiance en Gorge Profonde, mais l'information se révèle sans fondement. Scully confie à Mulder qu'elle a confiance qu'en lui, elle veut le prévenir que sa passion l'aveugle et que d'autres risquent d'en tirer parti contre lui.
Mulder retourne voir Gorge Profonde qui lui avoue avoir voulu détourner l'attention de Mulder. Il prétend qu'il existe certains secrets qui doivent absolument rester secrets.
Mulder et Scully sont sur la piste du camion, un moment donné, ils sont arrêtés par une lumière aveuglante et ils découvrent le camion abandonné. Mulder pense qu'ils viennent d'être témoin d'une mission de sauvetage, il dit cela avant de comprendre qu'il s'agissait encore d'une mise en scène pour le faire lâcher prise. Ils retrouvent la piste du camionneur, il les conduit à des installations gouvernementales où ils s'introduisent sous de faux laissez-passer fournis par les Lone Gunmen. Lorsque la sécurité veut les arrêter, Mulder se sauve vers les escaliers.
En bas, il retrouve Gorge Profonde. Celui-ci lui apprend qu'il existe un pacte ultra-secret conclu entre les nations après l'incident de Roswell en 1947. Toutes les entités biologiques extraterrestres (e.b.e.) survivantes doivent être exterminées. Gorge Profonde avoue être un des trois hommes à avoir exécuté cet ordre lorsqu'il faisait partie de la CIA, au Viêt-Nam. Cet incident l'a profondément marqué ce qui l'a poussé à se servir de Mulder pour se racheter. Il dit qu'à travers lui, la vérité se fera connaître.
Mulder regarde vers le réceptacle qui est vide. Mulder se demande qui il doit croire. Gorge Profonde ne dit rien et s'en va.