Un réparateur, perché sur un poteau, doit installer une ligne téléphonique. Il se fait piquer par une abeille. En bas, il voit plusieurs jumelles identiques à Samantha étant jeune et plusieurs garçon. Il meurt de convulsions et tombe sur le sol.
Pendant ce temps, Jeremiah Smith contacte Mulder et Scully. Mulder le supplie de venir voir sa mère qui est mourante. Mais un Bounty Hunter arrive afin d’éliminer Jeremiah. Une chasse à l’homme commence. Mulder et Jeremiah réussissent à semer le Bounty Hunter en partant sur un bateau. Pour Scully, elle se fait attraper et menacer par le Bounty Hunter. Lors d’une conversation téléphonique entre Scully et Mulder, il sait maintenant où les deux hommes se trouvent. Il part à leur recherche.
Mulder et Jeremiah sont maintenant dans une ferme où se trouve beaucoup de fleurs contenant du pollen. Mulder aperçoit sa sœur. Il la prend dans ses bras. En regardant autour de lui, il s’aperçoit qu’elle est un clone et qu’elle ne parle pas.
Pendant ce temps, à Washington, Elder rejoint l’homme à la cigarette dans la chambre de Teena. Il expose une photo présentant Teena en conversation avec l’homme à la cigarette. Ils concluent qu’il y a une faille dans leur sécurité. Au FBI, Scully rejoint Pendrell et Skinner. Ils ont trouvé sur le disque dur de 5 hommes identiques à Jeremiah un tas de fichiers codés : les lettres SEP (un programme d'éradication de la variole), suivi d’un code de 20 chiffres (protéines et leurs séquences d'acide aminé) et d’un code alphanumérique de 15 chiffres (une série de variations). Scully conclue que tous les êtres humains vaccinés contre la variole sont étiquetés et classés, à l’aide de leur ADN, dans les dossiers de l’administration de la sécurité sociale.
Une fois de plus, Mulder, Jeremiah et Samantha se font poursuivre par un Bounty Hunter. Ils se réfugient dans un ruché. Mulder s’asperge d’essence afin de ne pas être piquer. Les trois personnes poussent un mur du ruché. Le Bounty Hunters est attaqué par les abeilles. Jeremiah, Mulder et Samantha prennent la fuite. Mulder appelle Scully. Il doit être protéger lorsqu’il arrivera à l’hôpital parce que Jeremiah est avec lui. Le Bounty Hunter le rattrape. Il prend Mulder par le collet, mais Jeremiah s’enfuit. Mulder se rend seul au chevet de sa mère. Il pleure dans les bras de Scully.
Pendant ce temps, X entre dans l’appartement de Mulder, mais ne voit personne. Il se fait assassiner, mais il prend le temps d’écrire SRSG avec son sang au pied de la porte à Mulder. À cet endroit, Mulder rencontre sa nouvelle informatrice, Marita Covarrubias, secrétaire d’un représentant spécial des nations unis. Elle lui tend une enveloppe où se cache une photo de la ferme. Tout a été détruit, mais Marita affirme que tout ne doit pas mourir.
À l’hôpital, un Bounty Hunter se rend dans la chambre de Teena. L’homme à la cigarette lui demande de la guérir. Il impose sa paume sur son front et la soigne. Le plus dangereux des ennemis, c’est celui qui n’a rien à perdre. Si Mulder perd sa mère, il sera donc dangereux.